Dnia 18 października 2006 Wojewoda Podlaski podjął kolejny ważny krok przybliżający budowę obwodnicy Augustowa przez cenny przyrodniczo obszar Doliny Rospudy. Wojewoda zezwolił na wybudowanie kilkusetmetrowej estakady, opartej na filarach wbitych w cenne torfowisko Doliny, która jest ostoją wielu ginących siedlisk przyrodniczych oraz rzadkich gatunków roślin i zwierząt zagrożonych wyginięciem w Polsce i Europie. Organizacje ekologiczne zapowiadają odwołanie.
Na terenie objętym inwestycją oraz pod jej bezpośrednim wpływem (do 600 metrów) znalazło się 75 rewirów lęgowych ptaków należących do gatunków zagrożonych wyginięciem w skali europejskiej. W zasięgu negatywnego oddziaływania znalazły się również lasy i bory bagienne oraz torfowisko. Obszar inwestycji należy do europejskiej sieci Natura 2000.
Organizacje pozarządowe zapowiadają złożenie odwołań od decyzji Wojewody, która ich zdaniem narusza prawo Unii Europejskiej i prawo krajowe. Główny zarzut dotyczy braku udowodnienia, że nie istnieją inne warianty przebiegu drogi, które pozwoliłyby na ominięcie cennego obszaru. „Inwestor oraz Wojewoda powołują się na prace studialne z połowy lat 90-tych. Wtedy to zdecydowano o przebiegu drogi, jednak decyzja ta nie była oparta o rzetelną środowiskową ocenę. Potem rozpatrywano już tylko warianty przecinające cenne obszary, uznając „z góry”, że inne nie istnieją” – twierdzi Anna Roggenbuck z Polskiej Zielonej Sieci.
Organizacje dowodzą, że istnieje wariant, który pozwoliłby na ominięcie obszaru Natura 2000, a który nigdy nie był brany pod uwagę, tzw. wariant przez Chodorki. „Dla proponowanego przez nas wariantu alternatywnego stowarzyszenie drogowców SISKOM opracowało analizę techniczno-ekonomiczną oraz mapy z przebiegiem. WWF, OTOP i Pracownia na rzecz Wszystkich Istot dokonały również waloryzacji przyrodniczej wzdłuż proponowanego przebiegu. Wszystkie dokumenty udostępniliśmy inwestorowi i Wojewodzie, jako nasz wkład w postępowanie w sprawie oceny oddziaływania na środowisko. Niestety nasze starania zostały zupełnie zignorowane” – powiedziała Małgorzata Znaniecka z Ogólnopolskiego Towarzystwa Ochrony Ptaków. Organizacje zarzucają Wojewodzie i inwestorowi, że nie udowodnili, dlaczego nie jest możliwa budowa obwodnicy w zaprezentowanym przez nich wariancie
Organizacje oczekują, że Minister Środowiska rzetelnie rozpatrzy ich odwołania biorąc pod uwagę stanowisko Komisji Europejskiej z dnia 28 czerwca tego roku, w którym ostrzegła Polskę, że istniejący w Polsce system prawny dotyczący oceny oddziaływania na środowisko jest całkowicie niezgodny z prawodawstwem wspólnotowym, w szczególności istnienie tzw. „decyzji środowiskowej” w obecnym kształcie.