Rospuda jest częścią europejskiej sieci Natura 2000. Program ten powstał z myślą o zachowaniu cennych obszarów przyrodniczych jako dobra wspólnego wszystkich mieszkańców kontynentu.
Dolina Rospudy stanowi fragment Puszczy Augustowskiej, która została uznana za Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków (zobacz ptaki doliny Rospudy) oraz potencjalny Obszar Specjalnej Ochrony Siedlisk (zobacz roślinność doliny Rospudy).
Niedawno Polska znalazła się na czarnej liście Komisji Europejskiej ze względu na powolne wyznaczanie obszarów przyrodniczych o znaczeniu europejskim. Teraz może zostać ukarana za niepodejmowanie działań ochronnych dla ostoi, które oficjalnie już zgłosiła do sieci Natura 2000. Do takich należy Dolina Rospudy przez którą planuje się poprowadzić półkilometrową estakadę.